2026년 합산배제·과세특례 신고 기간(9월 16~30일)을 놓쳤어도 12월 1~15일에 납세자가 직접 신고·납부하는 길(종합부동산세법 제16조 제3항)은 법에 있습니다. 다만 이 12월 신고에 합산배제·특례를 넣어 반영받을 수 있는지는 2026년분 국세청 안내(2026년 9월 10일 보도참고자료와 자주 묻는 질문)에 나와 있지 않으므로, 11월 22일경 고지서를 받으면 12월 신고 전에 관할세무서나 국세상담센터(126)에 먼저 물어보세요.
반영 가능하다는 안내는 2025년 귀속분 때 한국세정신문 보도에 있었고, 12월 직접 신고를 하면 처음 나온 고지 결정은 없었던 것으로 봅니다(같은 항). 올해 정기 고지서는 11월 22일경 발송되고 납부기간은 12월 1~15일입니다.
9월에 안 내면 11월 고지서는 어떻게 나오나
종합부동산세법 제8조는 합산배제 주택 보유현황 신고(제3항)와 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 특례 신청(제5항)을 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 관할세무서장에게 하도록 정합니다(종합부동산세법 제8조). 국세청은 이 기간에 신고·신청하면 11월 정기고지 때 해당 부동산이 비과세되거나 1세대 1주택자로 과세되는 혜택을 받는다고 설명합니다. 2026년에는 적용이 예상되는 납세자 4.8만 명에게 안내문을 보냈습니다(국세청 2026.9.10. 보도참고자료와 자주 묻는 질문).
그러니 9월을 놓치면 11월 고지서에는 혜택이 빠진 채로 나온다고 보는 게 맞습니다. 그래도 그해 혜택이 사라지는 것은 아닙니다. 2025년 귀속분 때 한국세정신문은 9월에 신고·신청하지 못했다면 12월 1~15일 신고기간에 추가로 신고할 수 있고, 납부고지서와 관계없이 신고서를 내고 세액을 납부하면 고지세액은 자동 취소된다고 전했습니다(한국세정신문 12월 세무일지, 2025.12.1.). 근거 조문은 종합부동산세법 제16조 제3항의 "이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다"입니다.
전에 냈다면 다시 내야 할까
합산배제는 한 번 신고하면 이듬해부터는 변동이 없으면 다시 신고하지 않아도 됩니다. 국세청은 소유권, 면적, 사원용주택의 임차료 등이 바뀐 경우에만 신고기간에 변동 내역을 반영하라고 안내합니다. 1세대 1주택 특례 신청도 처음 신청한 다음 해부터는 신청 사항에 변동이 없으면 하지 않아도 됩니다(시행령 제4조의2 제5항).
따라서 9월에 움직여야 하는 사람은 그해 처음 대상이 된 사람, 그리고 전에 신고했지만 그 뒤 사정이 바뀐 사람입니다. 둘째 경우는 아래 "요건이 깨졌다면" 대목에서 다룹니다.
합산배제가 되는 집과 안 되는 집
합산배제는 요건을 갖춘 주택을 종부세 과세대상 합산에서 빼 주는 제도입니다(법 제8조 제2항). 임대주택에는 임대료 증액 5% 제한과 의무임대기간 요건이 붙고, 유형별 공시가격·면적 기준은 종합부동산세법 시행령 제3조에 유형별로 나뉘어 있습니다. 내 임대주택의 등록일·소재지·유형을 이 조문과 맞춰 봐야 합니다.
국세청 2026년 자주 묻는 질문에서 자주 걸리는 세 가지를 옮기면 이렇습니다.
- 과세기준일(6월 1일) 현재 실제로 임대 중인데 사업자등록을 못 했더라도, 신고기간 종료일(9월 30일)까지 지자체와 세무서에 각각 등록하면 공시가격 등 요건을 갖춰 합산배제를 받을 수 있습니다(Q4). 말소된 임대주택도 같은 날까지 재등록하면 가능합니다(Q7).
- 임대사업자로 등록하기 전의 임대기간은 의무임대기간에 들어가지 않습니다(Q10).
- 2020년 7월 11일 이후 등록 신청한 장기일반민간임대 매입임대 아파트는 합산배제를 받을 수 없습니다(Q8).
이사나 상속으로 두 채가 됐다면 과세특례 쪽입니다
일시적 2주택이나 상속주택은 합산배제가 아니라 과세특례(1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외)를 신청합니다. 특례주택을 빼고 나면 1주택자가 되는 사람이 대상이고, 요건을 채우면 공시가격 합계에서 12억 원을 공제하고 연령·보유기간 세액공제도 받습니다. 다만 특례주택에 해당하는 과세표준에는 세액공제가 적용되지 않으며, 특례주택에도 종부세는 과세됩니다(Q22). 특례주택이 될 수 있는 집은 아래와 같습니다.
| 특례주택 | 6월 1일 현재 조건 |
|---|---|
| 신규주택(일시적 2주택) | 신규주택 취득일부터 3년이 지나지 않음. 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역이고 2026년 8월 4일 이후 취득하면 2년 |
| 상속주택 | 상속개시일부터 5년 이내, 또는 지분율 40% 이하, 또는 지분율에 상당하는 공시가격 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하 |
| 지방 저가주택 | 1주택, 공시가격 4억 원 이하, 수도권 밖 광역시가 아닌 지역·광역시의 군·세종시 읍면, 경기 가평·연천, 인천 강화·옹진 |
(근거: 시행령 제4조의2, 2026년 9월 30일 개정·10월 1일 시행. 신규주택 2년 규정은 2026년 8월 3일 이전 취득·계약금 지급분에는 적용되지 않습니다.) 일시적 2주택은 종부세 특례에서 신규주택 취득 시기 제한이 없다는 점이 양도소득세와 다릅니다(국세청 Q14).
상속주택은 여러 채를 물려받았어도 각 집이 위 요건 가운데 하나를 갖추면 특례를 받을 수 있지만, 지방 저가주택은 1주택에만 적용되어 2채 이상이면 받을 수 없습니다(Q15, Q21). 5년이 지난 상속주택이라도 상속지분이 40% 이하이거나 지분의 공시가격이 수도권 밖에서 3억 원 이하라면 계속 대상입니다(Q17).
상속주택을 빼고도 집이 두 채 이상이면 1세대 1주택 특례는 안 되지만, 같은 요건으로 '세율 적용 시 주택 수 계산 특례'는 신청할 수 있습니다. 3주택 이상에 붙는 중과세율(0.5~5%) 대신 기본세율(0.5~2.7%)을 적용받는 제도입니다(Q19). 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택, 인구감소지역 주택도 1세대 1주택 특례가 아니라 이 세율 쪽(시행령 제4조의3 제3항)에서 주택 수에서 빠집니다.
일시적 2주택에서 기간 안에 종전주택을 팔지 못하는 등 요건이 깨지면, 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징합니다(법 제17조 제5항).
신청서는 무엇이고 어디서 내나
일시적 2주택 등은 '1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 신청서', 상속·무허가주택 부속토지 등 세율 쪽은 '세율 적용 시 주택 수 산정 제외 신청서'를 홈택스나 서면으로 냅니다(Q2). 합산배제는 유형별 합산배제(변동)신고서입니다. 홈택스에서 신고도움 자료를 받아 쓸 수 있습니다. 2026년부터 부부 공동명의 주택은 지분과 관계없이 합의로 정한 사람을 납세의무자로 선택할 수 있다는 점도 바뀌었습니다(Q24).
순서는 이렇습니다.
- 6월 1일 기준으로 우리 세대가 가진 주택과 세대원 보유 여부를 정리합니다.
- 임대주택이면 합산배제, 이사·상속·지방 주택이면 과세특례 중 어느 쪽인지 고릅니다.
- 9월 16~30일 신고기간에 홈택스나 관할세무서에 신고·신청합니다.
- 11월 고지서에 반영됐는지 확인합니다.
요건이 깨졌다면 '제외 신고'가 먼저입니다
이미 합산배제를 받던 주택이 임대료 상한을 넘기는 등 요건을 채우지 못하게 되면, 합산배제 대상에서 "제외"하는 신고를 해야 합니다(국세청 Q3). 한 번 내면 계속 적용된다는 편리함이 여기서는 함정입니다. 요건을 못 채운 주택은 경감받은 세액에 이자상당가산액(납부기한 다음 날부터 고지일까지 1일 0.022%)을 더해 내야 합니다(Q9, 시행령).
임대료를 직전 계약 대비 5% 넘게 올린 경우에는 그해와 다음 해까지 2년간 합산배제 대상에서도 빠집니다(Q13). 의무임대기간 중 다른 사업자에게 포괄양도한 경우에도 그동안 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다(Q12). 그래서 9월에 할 일은 새로 대상이 됐다면 신청, 전에 신청했는데 사정이 바뀌었다면 변동·제외 신고입니다.
12월 신고, 2026년분에도 반영될까
12월 1~15일에 직접 신고·납부하는 방식 자체는 법 제16조 제3항에 있어 해마다 열립니다. 다만 그 신고에 합산배제·특례를 넣어도 된다는 안내는 2025년 귀속분 때 나온 것이고, 2026년분 국세청 보도참고자료와 질의응답(2026년 9월 10일)에는 같은 내용이 없습니다.
9월 기간을 이미 넘겼다면, 11월 22일경 고지서를 받은 뒤 12월 신고 전에 관할세무서나 국세상담센터(126)에 12월 신고로 반영할 수 있는지 먼저 물어보세요. 내년부터는 9월 16~30일에 내는 것이 가장 확실합니다.